A magyar vízügy története a 19. század utolsó harmadáig vezethető vissza, amikor helyi értékek megóvása érdekében vízszabályozó és ármentesítő társulatok alakultak. A társulatok kezdetben az államtól függetlenül tevékenykedtek, később azonban, az ármentesítő beavatkozások egységesítése és összekapcsolása érdekében, az állam fokozatosan közérdeknek tekintette a vizek kártétele elleni törekvéseket.
Az egyre tudatosabbá és szervezettebbé váló vízügyi tevékenység 1948-tól állami feladattá vált, majd 1953-ban megvalósult az egységes vízügyi igazgatás, 11 területi vízügyi szervezet létrehozásával. Az önálló bajai vízügyi igazgatóság létrejöttét a térség vízgazdálkodási feladatainak fontossága követelte meg, így a már működő 11 után két évvel később, 1955. január 15-én alakult meg. Határai északon Bács-Kiskun és Pest megye közigazgatási határa, keleten a Duna-Tisza közötti természetes vízválasztó, nyugaton a Duna, délen pedig az országhatár.
Az Igazgatóság működésére a Duna vízjárása mindig nagy hatást gyakorolt. Az 1950-1980 évek között több nagy árvíz sújtotta a folyó mentén élőket, így a területet szolgáló dinamikus fejlődés – töltéserősítés, zsilipek, átereszek, szivattyútelepek, gátőrházak építése – vette kezdetét. Az 1980-as és 90-es években a Duna vízjárást tekintve „békésebb” időszak következett, így a nagyhatású műszaki alkotások és fejlesztések száma csökkent. A 2000-es évekig az igazgatóság tevékenységét elsősorban a meglévő művek üzemszerű fenntartása jellemezte, majd a 21. század ár-, és belvizeinek hatására újabb fejlesztési és beruházási igények fogalmazódtak meg.
Az Igazgatóság Dunától keletre húzódó működési területe alföldi táj, a Duna-völgy, a Kiskunsági hátság és az Észak-Bácskai hátság tájegységek jelentős részeit foglalja magában. A terület mélyebben fekvő részein a káros belvizek elvezetése és a vízigények (elsősorban öntözés) kielégítése a legfontosabb feladat, amely alapvetően összehangolt vízkormányzással biztosítható. A hátság magasabb részein a terület szárazodása, a vízhiányból adódó növekvő problémák adnak megoldandó feladatokat.
Az Alsó-Duna-völgyi Vízügyi Igazgatóság jelenleg a társadalmi igényekhez igazodó vízgazdálkodást segíti, az állami tulajdonban lévő vízügyi területek kezelőjeként ár- és belvízvédelmi, vízminőségi kárelhárítási, vízrendezési, vízhasznosítási, folyógazdálkodási, hajóút kitűzési, -fenntartási, üzemelési és fejlesztési tevékenységet lát el.