A vizekhez kapcsolódó monitoring olyan rendszeres mintavételi, mérési, vizsgálati, észlelési tevékenységet jelent, mely a felszíni és felszín alatti vizek mennyiségi és minőségi állapotának megállapítását, jellemzését, illetve az állapot rövid, vagy hosszú távú változásának leírását lehetővé teszi.
Az ADUVIZIG területén a felszíni vizek vízminőségi monitoringját a megyei kormányhivatalok (KH) laboratóriumai végzik. A Dunára vonatkozóan a Baranya megyei KH, az ADUVIZIG többi területén a Csongrád megyei KH laboratóriuma szolgáltatja az adatokat.
A felszíni vizek esetén a monitoring kiterjed az ökológiai és a kémiai állapot szempontjából indikatív biológiai elemek és speciális veszélyes anyagok meghatározására, valamint azokra a fizikai, kémiai paraméterekre és hidromorfológiai jellemzőkre, amelyek az ökológiai állapotot befolyásolják.
A vizeket megfigyelő monitoring a VKI szerint háromszintű, feltáró, operatív és vizsgálati jellegű. A programok ütemezése a vízgyűjtő-gazdálkodási tervezés 6 éves ciklusaihoz igazodik.
A vizek jellemzését szolgáló rendszeres mintavételi és vizsgálati tevékenység az alapja a Víz Keretirányelv végrehajtásának, mert e nélkül a fennálló állapot meghatározása és az intézkedések hatásának nyomon követése nem lenne lehetséges. A megbízható állapotértékelésen alapul valamennyi későbbi, javító szándékú beavatkozás, majd a végrehajtott intézkedés eredményességének vizsgálata.
A feltáró monitoring meglehetősen széles körű vizsgálatokat tartalmaz, de kevés mintavételi ponton történik. A program tartalmazza a biológiai elemeket, a hidromorfológiai észleléseket, a biológiai szempontból nélkülözhetetlen alapkémiát és a veszélyes anyagokat egyaránt. A feltáró monitoringhoz kapcsolódó program keretében történik az interkalibrációs hálózat működtetése, valamint a referencia helyek vizsgálata is.
A felszíni vizek operatív monitorozására a kockázatosnak minősített víztestek lettek kiválasztva. A terhelések hatásának vizsgálata célzott, szűkebb körű vizsgálatokkal is megoldható, ugyanakkor szükség lehet folyamatosan, éveken át, a feltáró monitoringnál nagyobb gyakoriságú mintavételekre és vizsgálatokra, mérésekre. A kockázattípusnak megfelelően azon elemek vizsgálata történik, amelyek az adott helyeken a terheléseket leginkább jellemzik, a vízi élővilág számára meghatározóak, és olyan részletességgel történik a vizsgálat, hogy a szignifikáns hatás eldönthető, illetve az intézkedések hatása kimutatható legyen. Ha a vizek minőségét javító intézkedés történik egy-egy vízfolyáson, vagy állóvízen, akkor az intézkedés eredményességét is az operatív monitoring segítségével lehet tisztázni.
Az alegységek területén történő szennyezéseket, környezeti káreseményeket ki kell vizsgálni. A komolyabb események kapcsán kárelhárítás és vizsgálati monitoring működtetése szükséges.
A vizsgálati monitoring működtetői baleset-szerű szennyezés esetében a kárt okozó környezethasználó és/vagy egymással együttműködve a környezetvédelmi, a természet-védelmi és a vízügyi államigazgatási szervek.