A vízügyi igazgatóság alapvető feladatai közé tartoznak a vízkészlet-gazdálkodással kapcsolatos kérdések, melyek magukban foglalják a vízkészletek minőségi és mennyiségi szempontú rendelkezésre állását és védelmét is.
A vízkészlettel való gazdálkodás keretében a felhasználók közötti vízelosztáson felül a vízkörforgás elemei közötti arányok figyelembe vételét, az ökológiai igények kielégítését, és a figyelembe vehető természeti és társadalmi kölcsönhatások szerinti szabályozást kell végrehajtani a vízgyűjtő egész területén.
A Víz Keretirányelv (VKI) az EU vízgazdálkodásra vonatkozó legfontosabb jogszabálya, amelynek előírásait minden tagállamnak végre kell hajtania. Vízkészlet-gazdálkodási szempontból a VKI elveit figyelembe véve a fenntartható fejlődés szükségességét kell szem előtt tartani annak érdekében, hogy a vizek és a vízhez kötődő ökoszisztémák állapotának romlása ne következzen be, a jó állapot elérhető legyen.
Az igazgatóság vízkészlet-gazdálkodással kapcsolatos legfőbb feladatai az alábbiak:
- a központi és területi vízügyi nyilvántartásokat tartalmazó vízgazdálkodási információs rendszer üzemeltetése, fejlesztése, az adatok feldolgozása, értékelése és tárolása, a hazai és nemzetközi adatszolgáltatás biztosítása, a más információs rendszerekkel történő együttműködés;
- a vízkészlet-gazdálkodás elemeinek (vízigény, vízkészlet, kapacitások) folyamatos nyilvántartása és értékelése, a vízkészlet- és vízhasználati adatok nyilvántartásában és feldolgozásában történő közreműködés;
- vízföldtani napló nyilvántartás folyamatos vezetése, hidrogeológiai védőterületek nyilvántartásának frissítése.