Az igazgatóság a belügyminiszter irányítása alatt álló önállóan működő és gazdálkodó, jogi személyiséggel rendelkező központi költségvetési szerv.
Az igazgatóság feladatait a vízgazdálkodásról szóló 1995. évi LVII. törvényben, a vizek kártételei elleni védekezés szabályairól szóló 232/1996. (XII. 26.) Korm. rendeletben, a környezetvédelmi, természetvédelmi, vízügyi hatósági és igazgatási feladatokat ellátó szervek kijelöléséről szóló 347/2006. (XII. 23.) Korm. rendeletben, valamint az egyéb jogszabályokban meghatározottak szerint látja el.
Az igazgatóság feladatai:
a) a folyók és egyéb vízfolyások, valamint a tavak vízkár-elhárítási célú szabályozása, a kettőnél több települést szolgáló vízkár-elhárítási létesítmények – az árvízvédelmi fővédvonalak, vízkár-elhárítási célú tározók, belvízvédelmi főművek (a továbbiakban: védművek) – építése, ezek, valamint az állam kizárólagos tulajdonában lévő védművek fenntartása és fejlesztése, azokon a védekezés ellátása, továbbá a mezőgazdasági vízszolgáltatás vízkárelhárítás feladatainak ellátása;
b) vízkárelhárítással összefüggő feladatok ellátása, különösen:
ba) a vízkárelhárítás műszaki, igazgatási teendőinek irányítása, illetőleg ellátása;
bb) a védőművek üzemeltetése, fenntartása, illetve az építés, fejlesztés összehangolása;
bc) a védekezés területi tervezése, szervezése, szakmai irányítása;
bd) a helyi önkormányzatok vízkár-elhárítási tevékenységének szakmai irányítása;
be) a helyi önkormányzatok számára a vizek kártételei elleni védelemmel összefüggő, a közigazgatási feladatok ellátásához szükséges tervek elkészítéséhez adatok szolgáltatása;
bf) a vízitársulatok vízkár-elhárítási tevékenységének szakmai irányítása;
bg) a vizek kártételei elleni védelemmel kapcsolatos tájékoztatás;
bh) a vizek többletéből eredő kockázattal érintett területekre veszély- és kockázati térkép, valamint kockázatkezelési terv készítése;
c) a kiemelt térségekre vonatkozó, a regionális, a megyei és a kistérségi területfejlesztési koncepció és program, valamint a kiemelt térségek és a megyék területrendezési tervének véleményezése;
d) közreműködik
da) a vízgyűjtő-gazdálkodási terv készítésében és az intézkedési programok végrehajtásában,
db) a nemzetközi, különösen a határvízi egyezményekből adódó feladatok ellátásában,
dc) a vízügyi kutatási, oktatási, nevelési és ismeretterjesztési tevékenységben;
e) gondoskodik a közcélú, állami és önkormányzati, továbbá a saját célú vízilétesítmények fenntartói, üzemeltetési, rekonstrukciós és fejlesztési összhangjának megteremtéséről;
f) közreműködik az Ivóvízminőség-javító Program végrehajtásában;
g) vízrajzi észlelőhálózatot és az annak részét képező víztest monitoring fenntartását, üzemeltetését és fejlesztését, vízrajzi adatok gyűjtését, feldolgozását és közreadását végzi;
h) együttműködik
ha) a helyi önkormányzatokkal a vízgazdálkodási feladatok megoldásában, és
hb) a vízitársulatokkal;
i) az Országos Vízügyi Főigazgatósággal együttműködve ellátja a vagyonkezelői feladatokat a vagyonkezelésében lévő állami tulajdonú vagyontárgyak tekintetében;
j) fenntartja és üzemelteti az állami tulajdonban lévő vízilétesítményeket, javaslatot tesz a rekonstrukcióra és a fejlesztésre;
k) ellátja a vagyonkezelésében lévő állami tulajdonú vizek szabályozását, mederfenntartását, partvédelmét;
l) ellátja a felszíni és felszín alatti vízkészletekkel való gazdálkodást, a vízkészletek állapotának folyamatos figyelemmel kísérését, mennyiségi és minőségi paramétereinek nyilvántartásba vételét, felhasználhatóságának értékelését;
m) az egyes európai uniós források felhasználásával megvalósuló egyes fejlesztések megvalósításával összefüggő feladatok ellátása;
n) víziközmű társulat törvényességi ellenőrzése;
o) vízitársulatok szakmai felügyelete;
p) a Startmunka program keretében megvalósuló vízügyi közfoglalkoztatási feladatok ellátása;
q) vízkárelhárítási feladatok ellátása;
r) állandó ügyelet fenntartása;
s) jégtörő hajók fenntartása.
Az igazgatóság részletes feladatait és a feladatellátás rendjét az igazgatóság ügyrendje határozza meg.