Az Igazgatóságnak, mint az állami tulajdonban lévő vizek kezelőjének, kezelői szempontból sokszor van szüksége aktuális információra a vizek állapotáról (ami nem jelent teljeskörű vizsgálatot, csak a legfontosabb jelző paraméterekre terjed ki). Különösen az egyre gyakoribbakká váló szélsőséges időjárási viszonyok, kritikus időszakok kapcsán fontos ismerni a vizek reagálását a rendkívüli helyzetekre, hogy állapotuk enyhítésére a lehetséges beavatkozások időben történhessenek. Erre a helyszíni mérések, laboratóriumi gyors módszerek alkalmasak, melyek által gyorsan juthatunk eredményhez, ezeket kiegészítve a planktonvizsgálatokkal pedig a vízi anyagcsere összefüggései is láthatóak.
A vízminőséget érintő vizsgálatokat a Vízgyűjtő-gazdálkodási és Víziközmű Osztályon belül működő Mintavevő Munkacsoport hajtja végre. A csoport 2016 óta a Nemzeti Akkreditáló Hatóság által tanúsított mintavevő szervezetként végzi a felszíni- és szennyvíz mintavételeket és a helyszíni méréseket.
A Munkacsoport a működési területen rendszeresen végez helyszíni méréseket és a biológiai komponensek alapján állapotértékelést, különös tekintettel a kritikus helyekre és időszakokra (pl. belvizes időszak, oxigénhiány, stb.). Vizsgálati eredményeik hozzájárulnak az üzemirányítási rendszer megalapozásához, a kezelői tevékenységekhez és a vízminőségi feladatok megoldásához.